1、能有效去除熱敏性物質中的輕分子物質
(1)產品物質的除臭姜油的除臭
(2)產品物質的脫溶——辣椒紅色素的脫溶
(3)產品物質中單體的去除酚醛樹脂中單體苯酚的去除
2、去除產品中的重物質和顏色
在精細化學品中，通常存在一些難以分離的重分子物質，甚至金屬離子。分子蒸餾提供了一種有效的方法。
乳酸如芥酸、亞油酸、亞麻酸、二聚酸、芥酸酰胺、硬脂酸單甘油酯和高碳醇的精制和脫色也需要使用分子蒸餾技術。
3、減少熱敏物質的熱損傷
魚油乙酯的脫色濃縮，與傳統釜式蒸餾相比，可以清晰地看到分子蒸餾技術的優勢：不僅產品收率高，而且產品質量好。絕大多數天然或合成香料和香料都是熱敏物質，適合通過分子蒸餾技術進行純化。
4、改進傳統工藝，開展清潔生產
魚油甘油三酯的純化消除了傳統的堿精制脫酸工藝，既避免了皂化液的環境污染，變廢為寶，又提高了主要產品的質量。其他類似產品包括小麥胚芽油、米糠油、椰子油、大豆油脫酸等。對于回收廢潤滑油，去除重雜質的傳統工藝是硫酸法，這對環境非常有害，在發達國家已被禁止。然而，分子蒸餾技術可以防止污染，將廢物變為財富。
5、優化產品合成工藝，提高產品質量
烷基聚糖苷精制。在烷基糖苷的合成過程中，過量的脂肪醇有利于合成反應，但直接影響產品純度。分子蒸餾可有效脫醇，使合成過程中脂肪醇的使用可根據工藝需要確定，提高產品收率和質量。
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